Die Datei apps steuert die Erscheinung von Fenstern in Fluxbox. So können Fenster automatisch gruppiert werden oder an bestimmten Stellen geöffnet werden.

Hier die Standarddatei ohne große Anpassungen.

[app] (name=sonata)
\t[Minimized] {true}
[end]
[app] (name=fbrun)
  [Position]\t(CENTER)\t{0 0}
  [Layer]\t{2}
[end]
[app] (name=Navigator) (class=Firefox) (role=browser)
  [Dimensions]\t{1191 1026}
  [Position]\t(UPPERLEFT)\t{487 -1}
[end]
[app] (Title=irc)
  [Tab]\t\t{no}
  [Deco]\t{NONE}
  [Sticky]\t{yes}
[end]
[app] (name=tkremind) (class=Tkremind)
  [Position]\t(UPPERLEFT)\t{551 86}
[end]
[app] (name=claws-mail) (class=Claws-mail) (role=mainwindow)
  [Dimensions]\t{1192 1023}
  [Position]\t(UPPERLEFT)\t{486 0}
  [Workspace]\t{3}
[end]
[app] (name=alltray) (class=Alltray)
  [Position]\t(UPPERLEFT)\t{487 146}
[end]